Goncalo Amaral stýrði rannsókn portúgölsku lögreglunnar á hvarfi Madeleini í upphafi. Í kjölfarið gaf hann út bók um málið sem heitir: „Maddie: A Verdade da Mentira“ (Maddie: Sannleikurinn á bak við lygina).
Í bókinni sakar hann foreldra Madeleine, þau Gerry og Kate McCann, um að hafa staðið á bak við hvarf hennar. Þau eru bæði læknar.
Kenning hans gengur út á að þau hafi fyrir mistök gefið Madeleine of mikið af svefnlyfi og að það hafi orðið henni að bana. Í örvæntingu sinni hafi þau losað sig við lík hennar og skáldað söguna um að henni hljóti að hafa verið rænt.
Gerry og Kate fengu stöðu grunaðra í málinu hálfu ári eftir að dóttir þeirra hvarf. Þetta þýddi að portúgalska lögreglan gat lagt beinar spurningar fyrir þau og á móti þurftu þau ekki að svara þeim. Einnig áttu þau rétt á að hafa verjanda viðstaddan yfirheyrslur.
Gerry svaraði sumum af þeim spurningum sem voru lagðar fyrir hann en Kate neitaði að svara einni einustu af þeim 48 spurningum sem voru lagðar fyrir hana í 11 klukkustunda langri yfirheyrslu.
Þetta var að mati Amaral ein sönnun þess að foreldrarnir ættu sök á hvarfi og dauða Madeleine.
Í júlí 2008 var ákveðið að hjónin hefðu ekki lengur stöðu grunaðra í málinu.
Hér á eftir höfum við tekið saman nokkrar kenningar og „sannanir“ sem sumir telja sanna að Kate og Gerry McCann hafi orðið dóttur sinni að bana og hafi látið hana hverfa.
Sumir af portúgölsku lögreglumönnunum töldu að hjónin væru „köld“ þegar þau voru yfirheyrð í upphafi og að ekki væri að sjá að það hefði nein áhrif á þau að dóttir þeirra var horfin. Amaral hefur sagt að þetta hafi stuðað hann. Ef dóttir hans hefði horfið hefði hann fyllst örvæntingu og aðeins geta hugsað um hvar hún væri.
Amaral var hissa á því frá upphafi að hjónin töldu að dóttur þeirra hefði verið rænt. Gat hún ekki alveg eins hafa farið sjálf út úr íbúðinni ef hún hafði vaknað?
24 dögum eftir hvarf Madeleine leigðu hjónin Renault Scenic og óku til Spánar. Ekki er vitað hvaða erindi þau áttu þangað.
Líkhundar eru sagðir hafa fundið merki um að lík hefði verið í bílaleigubílnum. Var það lík Madeleine?
„Þagnarsamningurinn“ (The Pact of Silence) er ein af þeim kenningum sem hafa verið settar fram um málið. Hún kom fyrst fram sem fyrirsögn í portúgölsku dagblaði þar sem tveir blaðamenn sögðust telja að Kate og Gerry hefðu gert samkomulag við vini sína um að segja ekki nákvæmlega frá hvað gerðist kvöldið sem Madeleine hvarf. Þetta voru vinir sem voru með þeim í fríi með þeim í Algarve og borðuðu kvöldmat með þeim kvöldið örlagaríka.
Sumir lögreglumenn hafa sagt að Madeleine hafi látist af völdum of stórs skammts af svefnlyfi. En engar sannanir fundust fyrir þessu. Madeleine var horfin og því ekki hægt að taka lífsýni.
Bresk kona, sem bjó á hæðinni fyrir ofan sumarleyfisíbúð McCann-fjölskyldunnar, sagði að dagana fyrir kvöldið örlagaríka hafi hún oft heyrt öskur og hávaða frá íbúðinni. Hún sagði að Madeleine hafi átt erfitt með að sofa og hafi oft grátið og kallað á föður sinn. Konan sagðist óttast að Madeleine hafði verið beitt ofbeldi.
