Einn þeirra sem telja að foreldrarnir beri ábyrgð á dauða Madeleine er Goncalo Amaral, sem stýrði rannsókn portúgölsku lögreglunnar á hvarfi Madeleine fyrstu mánuðina. Hann gaf síðar út bók sem heitir Maddie: A Verdade da Mentira (Maddie: Sannleikurinn um lygina) en í henni sakar hann foreldra hennar um að bera ábyrgð á hvarfi hennar og dauða. Kenning hans gengur út á að foreldrarnir, sem eru bæði læknar, hafi fyrir slysni gefið Madeleine of mikið af svefnlyfi og það hafi orðið henni að bana. Í örvæntingu hafi þau losað sig við lík hennar og spunnið sögu um að henni hefði verið rænt.
Hálfu ári eftir hvarf Madeleine fengu hjónin stöðu grunaðra í málinu en það veitti lögreglunni heimild til að spyrja þau ákveðinni spurninga og á móti gátu hjónin neitað að svara spurningum lögreglunnar og áttu rétt á að hafa lögmenn sér til aðstoðar. Í yfirheyrslum svaraði Gerry nokkrum spurningum lögreglunnar en Kate neitaði að svara öllum spurningunum 48 sem voru lagðar fyrir hana í 11 klukkustunda yfirheyrslu. Þetta telja sumir vera sönnun þess að þau hafi borið ábyrgð á hvarfi Madeleine og dauða. Kæran á hendur þeim var formlega felld niður í júlí 2008.
Meðal annarra atriða sem beindu grun margra að foreldrunum eru til dæmis:
Að sumir portúgölsku lögreglumannanna töldu hjónin vera „köld“ og „ósnortin“ þegar þau voru yfirheyrð í upphafi. „Það var eftirtektarvert hversu rólega þau tóku hvarfi hennar. Þetta var mjög köld framkoma sem ég hnaut um. Ef dóttir mín hefði horfið hefði ég verið fullur örvæntingar og aðeins getað hugsað: „Hvar er hún“,“ sagði Amaral síðar.
Amaral furðaði sig frá byrjun á því að hjónin töldu strax frá upphafi að Madeleine hefði verið rænt. Gat ekki hugsast að hún hefði sjálf farið út úr íbúðinni ef hún hefði vaknað um kvöldið?
24 dögum eftir hvarf Madeleine leigðu foreldrar hennar sér bíl og óku til Spánar. Ekki er vitað hver tilgangur ferðarinnar var. Líkhundar fundu að sögn síðar merki þess að lík hefði verið í bílaleigubílnum sem foreldrarnir fóru á til Spánar. Getur hugsast að það hafi verið lík Madeleine?
Fyrirsögn í portúgölsku dagblaði varð síðar að kenningu varðandi málið en hún er nefnd „The Pact of Silence“ (Þagnarsamkomulagið) og telja sumir hana sanna að foreldrarnir hafi verið viðriðnir málið. Samkvæmt þessari kenningu portúgalskra blaðamanna þá höfðu foreldrar Madeleine og vinir þeirra sammælst um að skýra ekki frá hvað gerðist nákvæmlega þetta örlagaríka kvöld. Kate og Gerry voru í fríi með sjö vinum sínum og borðuðu kvöldmat með þeim þetta kvöld á nærliggjandi veitingastað.
Nokkrir lögreglumenn hafa sagt að Madeleine hafi verið gefin of stór skammtur af svefnlyfi og hafi látist af þeim völdum. En lögreglan fann engar sannanir fyrir þessu. Ekkert lík fannst og því ekki hægt að taka sýni úr því til rannsóknar og of margir dagar liðu þar til þess kenning kom fram til að hægt væri að taka sýni úr systkinum hennar til rannsóknar á hvort þau hefðu fengið svefnlyf.
Bresk kona, sem dvaldi í íbúðinni fyrir ofan íbúð McCann-fjölskyldunnar, sagðist hafa heyrt litla stúlku öska og æpa dagana áður en Madeleine hvarf. Hún sagði að Madeleine hafi átt erfitt með svefn og hafi oft grátið og kallað á pabba sinn. Konan óttaðist að Madeleine væri beitt ofbeldi.
Allt eru þetta getgátur sem fólk hefur velt fyrir sér og sumir telja sanna sekt foreldra Madeleine en aðrir telja engan fót fyrir þessu.
