Gunnar varð stúdent frá Menntaskólanum í Reykjavík 1972 og lauk grunnnámi í verkfræði frá Háskóla Íslands 1977. Hann lauk M.Sc.-prófi í byggingaverkfræði frá Heriot-Watt University í Edinborg 1978 og doktorsprófi í jarðvegsverkfræði frá University of Missouri 1983.
Hann starfaði sem verkfræðingur hjá Norðurverki árið 1977 og hjá Hönnun hf. frá 1979 til 1980. Hann var síðan verkfræðingur og framkvæmdastjóri Gunnars og Guðmundar hf. frá 1980 til 1994 og Klæðningar ehf. frá 1986.
Gunnar var bæjarstjóri í Kópavogi 2005 til 2009. Hann var bæjarstjóri Fjallabyggðar frá 2015 til 2019 og gegndi stöðu sveitarstjóra Skaftárhrepps tímabundið á síðasta ári.
Hann var alþingismaður Reyknesinga frá 1999 til 2003 og Suðvesturkjördæmis frá 2003 til 2006.
Hann átti sæti í fjölda nefnda og stjórna og gegndi ýmsum trúnaðarstöðum á þeim vettvangi.