Byggð hefur verið á Möðruvöllum allt frá landnámi og var staðurinn lengi vel eitt af mestu höfuðbólum landsins. Klaustur var þar stofnað árið 1296 af Jörundi Þorsteinssyni Hólabiskupi og dvöldu í því munkar úr Ágústínusarreglunni. Sex árum síðar var mikið fé lagt til kirkjubyggingar.
Tuttugu árum eftir stofnun klaustursins kom upp eldur á staðnum. Brunnu þá klaustrið og kirkjan með öllum skrúða og klukkum. Munkarnir höfðu komið drukknir heim af kaupstefnu á Gásum í Eyjafirði og var mikið svall í klaustrinu. Fóru þeir svo ógætilega með eld að hann læsti sig í refla sem héngu í kórnum.
Á þessum tíma var nýtekinn við Hólabiskupsdæmi Auðunn „rauði“ Þorbergsson frá Noregi. Var hann mjög reiður munkunum fyrir þetta og tók hart á þeim. Sendi hann þá alla í prestvist og sagði að sér bæri engin skylda til að endurreisa klaustrið vegna gáleysis þeirra.
Einn munkanna, Ingimundur Skútuson að nafni, kærði það fyrir erkibiskupnum í Niðarósi árið 1323 að nýtt klaustur hefði ekki verið byggt en biskup hirti tekjurnar af því sjálfur. Var þá tekinn nýr biskup við á Hólum, Lárentínus Kálfsson. Lét hann endurreisa klaustrið en deilur stóðu um stjórn þess árin á eftir. Þóttu munkarnir á Möðruvöllum einstaklega ódælir á þessum árum.
Davíð Stefánsson frá Fagraskógi skrifaði leikrit árið 1926 um ölæði munkanna, Munkarnir á Möðruvöllum.