Í upphafi rannsóknarinn var það portúgalski lögreglumaðurinn Goncalo Amaral sem stýrði henni. Hann ræðir um rannsóknina í heimildarmynd sem þýska blaðið Bild sýnir í kvöld.
Það vakti athygli í upphafi rannsóknarinnar að grunur Amaral beindist að foreldrum Madeleine, Kate og Gerry McCann. Hann var rekinn úr starfi fimm mánuðum eftir hvarf Madeleine. Hann skrifaði síðan bók um málið þar sem hann hélt fast í þá skoðun sína að Kate og Gerry leyndu einhverju.
„Það var margt sem benti til þess. Það var gluggi sem við gátum aldrei skorið úr um hvort var opinn eða lokaður. Okkur var sagt að meintur mannræningi hefði skriðið inn og út um gluggann en fingraförin sem við fundum voru af móðurinni. Það voru einu fingraförin sem fundust,“ segir hann.
Hann segir einnig að hjónin hafi hegðað sér grunsamlega. „Hegðun þeirra var undarleg. Það var eins og ekkert hefði gerst. Þau virtust hafa meiri áhyggjur af að fá ekki te en hvarfi barns þeirra. Það eru ekki eðlileg viðbrögð,“ segir hann.
Hann viðurkennir einnig að mistök hafi verið gerð í upphafi rannsóknarinnar. „Við hófum rannsóknina eins og einhverju hefði verið stolið. Hvernig komst ræninginn inn? Hvernig komst hann út? Voru ummerki um innbrot eða voru fingraför? Rannsóknin hefði átt að vera umfangsmeiri, eins og morðrannsókn. Það hefði átt að leita að lífsýnum, trefjum, hári. Þetta voru mistök,“ segir hann.
Hann vísar því einnig á bug að Þjóðverjinn Christian B., sem er nú í fangelsi í Þýskalandi, geti hafa verið að verki en þýska lögreglan er sannfærð um að hann hafi numið Madeleine á brott og myrt hana. Amaral segir að portúgalska lögreglan hafi farið heim til Christian B. 2007, áður en grunur beindist að McCann-hjónunum, en hann hafi ekki verið heima.
„Þetta væri ekki í fyrsta sinn sem mál er leyst með því að búa til sönnunargögn. Þau sem bera aðalábyrgðina á hvarfi hennar eru þau sem önnuðust hana. Foreldrarnir,“ segir hann.