Smitum og dauðsföllum af völdum veirunnar hefur fjölgað mikið að undanförnu og eru nú að nálgast það sem var þegar verst lét í ágúst þegar fyrsta bylgja faraldursins náði hámarki. Við tóku þrír mánuðir þar sem góð stjórn virtist á ástandinu en síðan fór smitum að fjölga á nýjan leik. Yfirvöld telja að aukninguna megi rekja til nýja stökkbreytta afbrigðisins sem hefur hlotið heitið 501Y.V2.
Eins og enska afbrigðið er nýja afbrigðið með nokkrar breytingar frá fyrri afbrigðum. Heiti þess er dregið af breytingum á þeim hluta veirunnar sem stýrir hversu smitandi hún er. Enska afbrigðið fékk heitið 501Y.1. Afbrigðin eru ekki mjög lík og tilheyra tveimur mismunandi þróunargreinum veirunnar. Þær eiga það sameiginlegt að vera mjög ólíkar nánustu ættingjum sínum, eins og tveir frændur sem líkjast ekki neinum öðrum í ættinni.
Suður-afrískir vísindamenn segja að afbrigðið sé enn meira smitandi en það enska en ekki hefur verið sýnt fram á þetta með óyggjandi hætti enn sem komið er. Vísindamenn geta ekki bent á eitthvað eitt við afbrigðin tvö sem sönnun þess að þau séu meira smitandi en önnur afbrigði og telja að það sé blanda tveggja eða fleiri þátta sem gerir þetta að verkum. Það hefur því ekki verið sannað að afbrigðin séu meira smitandi en önnur afbrigði en líkur hafa verið leiddar að því.
Suður-afrísk stjórnvöld hafa nú gripið til hertra aðgerða til að stemma stigum við faraldrinum og hefur útgöngubann verið hert. Bann við sölu áfengis hefur verið innleitt á nýjan leik. Barir, baðstrendur og margt annað verður lokað. Fólk má ekki safnast saman og gildir það bæði innanhúss og utan. Nota verður andlitsgrímur á opinberum stöðum.