Sagan um þetta flug er bæði dularfull og sérstök. Vélin tók á loft frá Kýpur og var áfangastaðurinn Aþena í Grikklandi. Þegar ekkert hafði heyrst frá vélinni, sem var af gerðinni Boeing 737-300, í tvær klukkustundir voru tvær F-16 þotur frá gríska flughernum sendar af stað til að kanna með vélina sem var í 10 km hæð.
Óttast var að vélinni hefði verið rænt. Flugmenn F-16 vélanna komu fljótlega auga á vélina og óhætt er að segja að það sem þeir sáu hafi fengið hárin til að rísa. Þeir sáu að flugmennirnir sátu í undarlegum stellingum. Þeir hölluðust fram og hreyfðust ekki. Þeir voru greinilega meðvitundarlausir. Það sama átti við um farþegana 115 og flugliða, allir sátu grafkyrrir og súrefnisgrímur dingluðu við hlið þeirra.
Aðeins einn hreyfðist. Það var Abdreas Prodromous, 25 ára flugliði, sem var með súrefnisflösku og reyndi að ná stjórn á vélinni, en án árangurs.
Að lokum þraut eldsneyti vélarinnar og hreyflar hennar drápu á sér og vélin flaug inn í klettahamar nærri Grammatiko. Allir um borð létust í þessu versta flugslysi sögunnar í Grikklandi.
Þegar málið var skoðað kom í ljós að ákveðnar blikur voru á lofti um að slys væri í uppsiglingu. Á leið vélarinnar frá Lundúnum til Kýpur hafði komið í ljós að loftþrýstingur í farþegarýminu hafði ekki verið stilltur af eins og átti að gerast. Auk þess höfðu undarleg hljóð borist frá einni hurð.
Ákveðið var að fara yfir vélina þegar hún lenti í Kýpur. Flugvirkjar könnuðu hurðina og loftþrýstikerfið en við þessa vinnu gleymdu þeir einu og það reyndist vera örlagaríkt. Þeir gleymdu að setja loftþrýstikerfið aftur á sjálfvirka stillingu í stað handvirkrar. Það hafði í för með sér að útstreymisventill var að hluta opinn.
Klukkan 09.07 tók vélin á loft með 115 farþega og 6 manna áhöfn. Enginn af þeim vissi að vandræði hófust um leið og vélin tók á loft. Flugmennirnir tilkynntu um vandræði með loftþrýstikerfi vélarinnar klukkan 09.14 en höfðu ekki miklar áhyggjur af því. Vélin hafði jú verið yfirfarin af flugvirkjum skömmu fyrir flugtak en flugmennirnir vissu ekki að loftþrýstikerfið var stillt á handvirka stillingu í stað sjálfvirkrar.
Eftir 13 mínútna flug byrjaði loftþrýstingur í vélinni að falla og magn súrefnis fór minnkandi. Þetta gerðist svo hægt og rólega að enginn áttaði sig á þessu. Svo virðist sem dómgreind flugmannanna hafi fljótlega orðið fyrir barðinu á þessu. Geta þeirra til að skilja og bregðast við merkjum frá stjórnkerfi vélarinnar skertist og þeir gerðu skömmu síðar mistök sem höfðu banvænar afleiðingar.
Þegar vélin var komin í 12.000 feta hæð kviknaði á viðvörunarkerfi vegna minnkandi súrefnismagns í vélinni. Þetta hefði átt að fá flugmennina til að bregðast við og hætta við frekari hækkun vélarinnar. En flugmennirnir voru líklega báðir ringlaðir vegna súrefnisskorts svo þeir tóku ekki mark á viðvöruninni og brugðust ekki við. Vélin hélt því áfram að hækka flugið.
Eftir klukkan 09.20 náðu flugumferðarstjórar ekki sambandi við vélina, líklegast voru flugmennirnir þá búnir að missa meðvitund. Svo virðist sem mikil örvænting hafi gripið um sig í farþegarýminu. Súrefnisgrímur höfðu fallið niður þegar loftþrýstikerfið mældi lágt súrefnisinnihald. Farþegarnir hljóta að hafa áttað sig á að eitthvað var að, jafnvel þótt að meðvitund þeirra væri farin að skerðast vegna súrefnisskorts.
Súrefnisgrímurnar gátu aðeins sér farþegunum fyrir súrefni í 15 mínútur og eftir þann tíma misstu þeir meðvitund.
Klukkan 11.05 hófu F-16 vélarnar sig á loft. Klukkan 11.24 komu flugmennirnir auga á vélina sem var þá yfir grísku eyjunni Kea. Næstu hálfu klukkustundina flugu flugmennirnir í hringi um vélina til að reyna að sjá hvað hefði gerst um borð. Þeir tilkynntu síðan að báðir flugmennirnir væru hreyfingarlausir og ekkert lífsmark að sjá og að flugvélin væri á sjálfsstýringu.
Þeir sáu einnig Abdreas Prodromous sem hafði tekist að brjóta sér leið inn í flugstjórnarklefann. Hann var með súrefnisflösku með sér og reyndi að ná stjórn á vélinni. Hann var með flugstjórnarréttindi en kunni ekki að fljúga Boeing 737-300. Hann hrópaði „Mayday“ í talstöðina en því miður tókst honum ekki að bjarga vélinni og þar með sjálfum sér. Vélin varð eldsneytislaus og flaug inn í klettavegg nærri Grammatiko.
Allir um borð létust því „gleymst“ hafði að stilla loftþrýstikerfið á sjálfvirkni í stað handvirkni.
